Matière organique et stockage de carbone : remettre le fonctionnement du sol au cœur de la réflexion
Matière organique et stockage de carbone : remettre le fonctionnement du sol au cœur de la réflexion
Comment préserver et reconstruire le capital organique des sols ? Comment mieux valoriser les matières organiques apportées ? Et comment cette amélioration peut-elle conduire à un stockage durable du carbone, jusqu’à sa valorisation économique ?
À l’occasion du SPACE 2026, Gaïago a consacré une conférence à la matière organique et au stockage de carbone dans les sols. Un sujet climatique, bien sûr, mais d’abord agronomique : avant de parler de tonnes de CO₂ stockées, il faut comprendre comment fonctionne un sol et dans quelles conditions le carbone peut y être durablement stabilisé.
La matière organique : Votre capital agronomique
Un sol fertile ne se résume ni à sa teneur en éléments minéraux, ni à son taux de matière organique. Sa fertilité résulte de l'interaction entre quatre dimensions, la fertilité biologique, la fertilité chimique, la fertilité physique et la fertilité hydrique.
Activité des organismes, disponibilité des minéraux, structure, porosité, enracinement ou encore capacité à stocker et restituer l'eau fonctionnent ensemble.
Dans cet ensemble, la matière organique occupe une position centrale. Elle constitue une ressource en carbone, en minéraux et en énergie pour les organismes du sol. Elle participe à la capacité d'échange cationique et constitue des réserves nutritives.
Elle contribue à la stabilité structurale, à la porosité et à la rétention de l'eau. Elle intervient également dans le stockage du carbone.
Mais parler de « matière organique » au singulier est réducteur.
Les résidus végétaux et animaux, la biomasse microbienne, les matières organiques en cours de transformation ou encore l’humus n’évoluent pas de la même manière dans le sol. Certaines fractions sont rapidement décomposées et ne restent que quelques mois. D’autres se transforment et se stabilisent progressivement, pour rester dans le sol plusieurs décennies, voire bien davantage pour les formes les plus stables L'enjeu n'est donc pas simplement d'apporter de la matière organique au sol : il est de parvenir à la transformer et à en stabiliser une partie.
Apporter de la matière organique ne signifie pas automatiquement fabriquer de l'humus
Couverts végétaux, résidus de cultures, effluents d’élevage et digestats alimentent le sol en matière organique fraîche. Une fois incorporée au cycle biologique, celle-ci peut suivre différentes voies :minéralisation ou humification. Une partie est transformée en éléments minéraux disponibles pour les plantes ; une autre peut contribuer à la constitution d'humus.
C'est précisément à ce niveau que la microbiologie devient déterminante.
Deux grandes conditions vont favoriser le retour à un équilibre biologique et le stockage de matière organique stable : les acteurs biologiques présents dans le sol et la nature des matériaux qui leur sont fournis.
Une attention particulière doit être portée aux champignons et à leur rôle dans les processus d'humification. L'objectif n'est donc pas seulement de “nourrir le so”, mais de disposer d'une activité biologique capable d'orienter efficacement une partie de ces ressources vers des formes organiques plus stables.
Stocker du carbone ne consiste pas à stocker uniquement du carbone
L'humus n'est pas constitué uniquement de carbone. Sa formation mobilise également de l'azote, du phosphore, du soufre et des oligoéléments. Introduisons ici la notion de stœchiométrie C:N:P:S et un “nombre d'or de l'humus” de 100 : 10 : 1 : 1 : 0,1. Dans cette représentation, stocker une tonne de carbone sous forme organique stable mobilise également environ 100 kg d'azote, 10 kg de phosphore, 10 kg de soufre et 1 kg d'oligoéléments.
Et c’est là que la manière d’aborder le stockage du carbone change.
Faire entrer du carbone dans le sol ne suffit pas. Encore faut-il que le sol puisse le transformer et en stabiliser une partie durablement.
Cela suppose une activité biologique efficace, mais aussi la disponibilité des éléments minéraux nécessaires à ces transformations.Si la matière organique apportée est déséquilibrée, les micro-organismes vont chercher ailleurs les éléments dont ils ont besoin. Ils peuvent notamment les puiser dans la matière organique déjà présente, en minéralisant une partie de l’humus existant.L’enjeu n’est donc pas seulement de faire entrer plus de carbone, mais de créer les bonnes conditions pour qu’il reste dans le sol.
Toutes les matières organiques ne se valent donc pas
Intéressons-nous aux digestats et aux fumiers, avec un constat essentiel : raisonner uniquement en tonnes apportées ne suffit pas. La composition d’un fumier varie beaucoup selon son origine : espèce animale, alimentation, type de litière, conditions de stockage ou encore compostage influencent directement sa composition.
Les fumiers ont généralement un bon potentiel d’humification. Ils apportent de la matière organique, mais aussi des éléments nutritifs – azote, phosphore, potassium et oligoéléments – ainsi que des micro-organismes. Un ensemble de ressources qui contribue à nourrir à la fois le sol et son fonctionnement biologique.
Le cas du digestat illustre encore davantage l'importance de regarder la nature de la matière apportée. Après séparation de phase, les fractions liquide et solide présentent des caractéristiques très différentes.
La fraction solide est notamment plus riche en matière organique stable (fibres, lignine et fractions peu dégradables) et peut avoir un pouvoir amendant et structurant. Elle favorise également la vie microbienne, mais son efficacité suppose notamment la présence d'une flore fongique capable de valoriser cette matière.
Ce qu'il faut retenir
Le principal enseignement de cette conférence pourrait finalement tenir en une idée :
Le carbone est un indicateur du fonctionnement du sol avant d'être une unité à valoriser sur un marché.
Chercher à augmenter durablement le carbone organique impose de s'intéresser à l'ensemble du système : quantité et qualité des matières organiques apportées, équilibre des éléments, activité biologique, rôle des champignons, structure du sol et pratiques agronomiques.
C'est aussi ce qui relie fertilité et climat. Restaurer la capacité d'un sol à transformer et stabiliser la matière organique peut améliorer ses fonctionnalités agronomiques tout en augmentant son stock de carbone. Et lorsque cette augmentation est mesurée, elle peut devenir une nouvelle source de valeur pour l'agriculteur.
Autrement dit : ne cherchons pas seulement à mettre plus de carbone dans les sols. Créons les conditions pour que le sol puisse le transformer efficacement le stabilise rapidement et le conserver durablement.
